《远东特遣队之飞龙行动》的剧情发生在20世纪的远东地区，正值二战时期。苏联远东军区情报科主管副科长伊万诺夫少校因严重腐化错误被发现后，携带一份苏联远东军的最新兵力布防图叛逃至伪满洲国。为了防止这份绝密情报落入日军手中，苏联情报部迅速行动，组建了一支特遣队，执行代号“飞龙行动”的秘密任务。

特遣队长途跋涉，潜入哈尔滨，计划除掉叛徒伊万诺夫并夺回兵力布防图。然而，任务一开始便遭遇挫折，部分队员不幸被捕。在哈尔滨，特遣队得知暗杀行动只是表面行动，真正的目标是瓦解日军在哈尔滨的白俄支队。

特遣队巧妙布局，利用情报贩子激化日军与白俄支队的矛盾，最终成功诱使白俄支队解散，同时也救出了被捕的队员，完成了艰巨的任务。整部电影紧张刺激，展现了特遣队员们的英勇和智慧。