在《绝世战魂 3D动画版》中，故事发生在一个名为苍岚大陆的奇幻世界。这个世界中，武者们以武魂为媒介，沟通天地，进行修行。秦南，身为家族少主，天生却拥有一缕废魂，这让他饱受歧视和冷落。

然而，在一次偶然的机遇下，秦南觉醒了太古战神之魂，从此他的命运发生了翻天覆地的变化。他一路逆袭，从一名被看不起的废材，成长为九界之中无人能敌的强者。

在成长的过程中，秦南邂逅了多位仙姿美女，并与她们共同经历了无数的挑战和磨难。他凭借着自己的毅力和智慧，一次次地战胜强敌，碾压九界天才，最终成为了众人仰望的传奇人物。

《绝世战魂 3D动画版》以其精彩的剧情和精美的画面，为观众呈现了一个充满奇幻和冒险的武侠世界。