《流浪细菌：亦敌亦友话细菌》的剧情紧密围绕细菌与人类的微妙关系展开。影片以一段家庭的健康危机为起点，当一位年迈的爷爷意外感染了一种名为鲍曼不动杆菌的超级细菌时，家庭陷入了恐慌与混乱。细菌在爷爷体内肆虐，医生们竭尽全力，利用科学知识和诊疗技术与之抗衡。

影片中，细菌被赋予了拟人化的形象，它们展示了强大的耐药性和生命力，但同时也展现了与人类共存的可能性。医生们通过深入研究，发现了益生菌的配套使用方法，以及未来对抗超级细菌的治疗方案。

整个剧情紧张而富有张力，通过一系列戏剧冲突的处理，向观众展现了细菌与人类的“相生相克”关系，同时也传达了科学精神和对未来的希望。