《汉娜 第二季》的剧情承接第一季，继续讲述汉娜在父亲去世后的生活。汉娜在父亲离世后，深刻体会到外界的危险，同时她成功解救了组织训练生克拉拉，两人一同躲入森林以逃避追捕。克拉拉心怀寻找亲生母亲的愿望，试图与外界联系，却不幸被组织发现，玛丽莎迅速将其捕获。

玛丽莎在剧中对汉娜表现出深厚的情感，她不惜与组织对抗，只为保护汉娜。汉娜对玛丽莎的信任与怀疑交织，使她时常陷入复杂的情绪中。在第二季中，汉娜开始正面接触这个杀手培训组织，并与玛丽莎一同深入其中，逐渐揭露组织的真正目的和手段。

随着故事的推进，更多的少女杀手被卷入其中，汉娜与玛丽莎的关系也越发紧密。在第二季的结尾，克拉拉决定结束杀手生涯，回归正常生活，而汉娜与玛丽莎则决定继续深入组织，以破坏其计划。整部剧情紧凑，情节跌宕起伏，充满了悬疑与动作元素，为观众呈现了一个关于友情、自由与对抗强大势力的故事。