动漫《神选第二季》的剧情围绕就读于东京都内私立高中的高一学生护郎展开。护郎是一个没有“希望”、“梦想”也没有“野心”的普通学生。某一天，他的手机突然收到了一条奇怪的通知：“你被选中了，请说出你的愿望。”护郎半信半疑地许下了一个愿望，没想到这个愿望竟然真的实现了。

就在护郎为愿望成真而震惊不已的时候，一个神秘的女孩拉尔出现在了他的面前。拉尔向护郎揭露了一个残酷的事实：他被“伟大的意志”选中，为了实现他的愿望，他必须与其他神候选人竞争“神”的位置。这些候选人之间必须互相残杀，直到最后只剩下一个胜利者。

面对这突如其来的命运，护郎感到既困惑又恐惧。然而，他很快意识到，自己已经无法回头，只能硬着头皮踏上这条充满血腥与斗争的道路。为了生存，为了实现自己的愿望，护郎必须与其他候选人展开一场场生死较量，不断挖掘自己的潜能，迎接一个又一个的挑战。