《命运/冠位指定 绝对魔兽战线巴比伦尼亚》的剧情发生在纪元前2655年的古代美索不达米亚，乌鲁克之地。人理续存保障机构迦勒底发现，历史上数个地点突然出现了“无法观测领域”——“特异点”，这些特异点正是导致人类将在2017年灭亡的原因。为了修复这些特异点，迦勒底派遣了最后的御主藤丸立香与亚从者玛修·基列莱特，通过“灵子转移”时间旅行至过去，执行“圣杯探索 Grand Order”。

第七特异点位于乌鲁克，这里由贤王吉尔伽美什统治，原本繁荣的城市却在三柱女神及众多魔兽的侵袭下濒临灭亡。藤丸与玛修到达后，他们遇到了要塞都市“绝对魔兽战线”，以及拼命求生的人们。为了拯救乌鲁克，他们必须直面魔兽与诸神的攻击，展开一场场惨烈的战斗。

在乌鲁克，藤丸与玛修不仅遇到了强大的敌人，也结识了诸多可靠的伙伴，他们共同为人类的未来而战，努力修复这个时代的特异点，以期改变人类灭亡的命运。