《石纪元 第三季 Part 2》的剧情紧接前季，展现了石之世界的壮丽篇章。在这个被神秘石化现象笼罩了几千年的世界里，千空，这位拥有超人头脑的科学少年，继续领导着他的伙伴们，努力用科学的力量重建文明。他们面对的不仅仅是自然环境的挑战，还有由灵长类最强高中生狮子王司领导的“武装帝国”的阻挠。

经过一系列激烈的科学与武力的较量，千空的科学王国逐渐占据了优势，最终与“武装帝国”达成了和解。然而，挑战并未结束。为了解开石化之谜，千空决定率领科学王国前往地球的背面——新世界，寻找石化光线的发生源。

在这个充满未知与冒险的旅程中，千空和他的伙伴们将面临更加严峻的挑战，但他们坚定的信念和无尽的智慧将是他们最坚实的力量。石头世界大航海时代终于拉开序幕，一场关于科学、勇气和智慧的壮丽史诗正在上演。