电影《精灵宝可梦：波尔凯尼恩与机巧的玛机雅娜》的剧情发生在阿罗拉地区，小智与皮卡丘一行人被邀请参加祭典。在祭典上，他们遇到了神秘的宝可梦波尔凯尼恩，并结伴同行。

途中，他们遇到了被称为“机巧的玛机雅娜”的宝可梦，得知其拥有强大的力量，但也会给世界带来灾难。小智一行人决定与波尔凯尼恩合作，阻止玛机雅娜的力量被用于不正当目的。

他们与反派团队进行了激战，波尔凯尼恩展现出了惊人的力量，而玛机雅娜也开始失控。最终，小智和波尔凯尼恩联手，成功阻止了玛机雅娜的破坏行为，保护了世界的和平。电影以祭典为背景，通过小智一行人的冒险经历，展现了友情、勇气和团队合作的重要性。同时，也呈现出了宝可梦世界的神奇和多样性，让观众们更加深入地了解了这个世界。电影结尾处，小智和波尔凯尼恩的告别也让人感到温馨和感动。