《幻影战士2：追击末日山》的剧情紧凑且充满动作元素。故事发生在1999年，围绕着前海豹突击队员迈克及其团队展开。迈克退役后与罗伊、德里克及亨特共同经营一家私人侦探所，致力于为客户提供各类服务，尽管许多客户因费用高昂而望而却步，但他们仍坚持为正义而战。

影片的核心冲突源于迈克对军火贩子萨基申的深仇大恨。多年前，萨基申用化学制剂集束弹炸死了迈克的多名战友，还导致幸存的战友后代残疾，这让迈克始终无法释怀。一次偶然，迈克发现军火贩子雷纳德疑似当年的萨基申，便决心追踪并复仇。

在追踪过程中，迈克遭遇重重困难，甚至一度被雷纳德俘虏并注入致命病毒。在团队的营救下，迈克逃脱并继续追击。最终，迈克找到了雷纳德在小岛上的秘密基地，并得知其正策划发射装有化学制剂的导弹袭击城市德莱萨。在一场激烈的战斗后，迈克不仅成功阻止导弹发射，还从雷纳德手中获取了解药，拯救了自己和无辜民众。然而，雷纳德最终死在了自己研制的化学制剂之下，而迈克则继续带领团队与邪恶势力斗争。