《生化危机5：惩罚》的剧情紧凑且扣人心弦。影片设定在一个被T型病毒肆虐的末日世界，爱丽丝从伞公司的海底设施中苏醒，她发现自己身处一个模拟多个城市环境的巨大实验室。在这里，她不仅要面对源源不断的丧尸攻击，还要解开病毒散播的真相。

随着剧情的深入，爱丽丝发现红后已控制所有丧尸，并计划消灭所有人类。她联合新盟友艾达王以及里昂率领的小队，决定逃离这个海底地狱。在逃亡过程中，他们遭遇了手持巨斧的屠夫、实验的生化人以及变异的寄生尸。

最终，爱丽丝成功救出了被抓住的女儿，并在华盛顿白宫找到了成为人类领袖的威斯克。但就在她以为一切将结束时，威斯克却再次给她注射了药物，恢复了她的超能力，因为城外仍有数不清的丧尸大军等待着他们。