《狄仁杰之异虫谜案》的剧情紧凑而悬疑，故事背景设定在唐朝天授年间。国泰民安之下，坊间却暗潮涌动，诡事频发。年轻的狄仁杰在追查一起多人失踪案时，意外发现了活人变干尸的惊悚事件。官府对此刻意隐瞒，因案件背后牵涉到武后与长孙无忌的宫廷内斗。狄仁杰不顾个人安危，誓与发小女保镖鱼兰青揭开真相，途中却遭遇神秘刺客袭击。

在追查过程中，狄仁杰结识了背负两条人命嫌疑的欧阳华，逐渐发现干尸案背后隐藏着更深的阴谋。随着调查深入，云南虫蛊、灭门惨案及江湖势力等不明危险元素浮出水面，狄仁杰等人被卷入两派势力斗争的漩涡中心。真相逐渐明朗，但狄仁杰也面临生死考验，最终在一系列惊心动魄的较量中，他凭借超凡的智慧与勇气，逐步揭露并粉碎了这场企图颠覆大唐的阴谋。