《魔法学园MA》的剧情围绕着一位名叫羽濑川拓人的平凡高中生展开。尽管在学校中他表现平庸，被戏称为“2年B班平均分数计算机”，但他实际上是隐藏在现代社会之下的“魔法学园”中的魔法师候补生。为了成为合格的魔法师，拓人不得不参加各种艰难的竞技测验。

在一次补考“召唤实技Ⅱ”中，拓人意外召唤出了魔力值高达十万以上、神格值为五千、属性不明的兽耳美少女塔娜罗特。这位神秘少女的出现，不仅让魔法学园陷入了巨大的骚动，还意外地卷入了神界和魔界的风波。

为了防止塔娜罗特再度暴走，学园强迫拓人与另一位学生铃穗和她一起开始三人的同居生活。然而，塔娜罗特和铃穗为了争夺拓人的好感，在学园内展开了一场大混战，甚至将学园烧得乌烟瘴气，导致拓人被罚在家闭门思过。

与此同时，一股与他们三人毫无关系的阴谋也在悄悄逼近，使得原本就混乱的局面变得更加复杂。